El Concilio Vaticano II, que culminó en el año 1965, insertó un cambio en la manera de pensar y actuar de la comunidad católica. La Iglesia exhortó a los laicos a asumir un rol protagónico en la misión evangelizadora. Los laicos no debían ser ya sólo receptores del mensaje divino, sino activos propagadores de la Fe en su medio. Las conclusiones del Concilio y los posteriores mensajes de la Iglesia, exaltaron el derecho y el deber de los padres como los primeros educadores de sus hijos.

Animados por este espíritu, en diciembre de 1969, un grupo de padres resuelve unirse en una Asociación sin fines de lucro, “con la finalidad especifica de crear, orientar y dirigir establecimientos educativos para que en ellos se formen nuestros hijos en la Doctrina Católica e instruyan en las ciencias, artes y técnicas humanas, respetando la prioridad del bien común y observando las tradiciones argentinas”. Nació así la Asociación San Pablo.

Por su iniciativa y con el apoyo de la comunidad, en marzo de 1970 abrió sus puertas el Colegio Primario. El Colegio San Pablo fue el primer establecimiento educativo en la provincia que incorporó el idioma Inglés intensivo porque consideró que era imprescindible que los niños aprendieran otra lengua, como un medio necesario para su presente y futuro.

Años después, cuando ya estuvieron incorporados y reconocidos todos los grados del nivel primario se contempló en diversos momentos, la posibilidad de ampliar el compromiso, creando el nivel secundario y asegurando así a los alumnos la continuidad de ese (mismo) proyecto educativo integral en el nivel medio.  En Salta, entonces, los institutos privados eran insuficientes para atender la demanda educativa. Este propósito fue consultado con los padres de los alumnos, se iniciaron gestiones y se buscaron los modos que hicieran posible concretar la apertura del nivel secundario.

Una vez más fue necesario redoblar esfuerzos y en marzo de 1982 abrió sus puertas el colegio Secundario con modalidad Bachiller, en calle Zuviría 566.

Su permanente búsqueda de brindar a sus alumnos las herramientas para una formación integral y acorde a los tiempos, lleva en el año 1985, a incorporar computación en el curriculum, siendo pioneros en Salta en este campo.

En Marzo de 1993 se inaugura la primera etapa del proyecto edilicio del colegio que abarca los edificios destinados a Nivel Inicial, EGB y Comedor, en el Barrio Gran Bourg. En la misma fecha se incorpora la sala de cuatro años, completando así el actual Nivel Inicial. Se adopta la modalidad de doble jornada. Se implementa la Expresión Plástica como espacio curricular sistematizado. En 2005 se inaugura la segunda etapa del proyecto edilicio del colegio incorporando el edificio correspondiente al Nivel Polimodal.

En el año 2013 se crea la Dirección de Pastoral, con el claro objetivo de conformar un Colegio misionero al servicio de la Palabra de Cristo.